El misionero debe tener su “desierto” para buscarse y buscar al Salvador. Debe encontrar momentos para dedicar a la oración, tanto personal como comunitaria.

Los rasgos característicos de la oración del misionero son los siguientes:

• Es Trinitaria: La oración del misionero se dirige a la Trinidad. Si bien se realiza siempre “en el nombre de Jesús”, y puede hacerlo acudiendo a la intercesión de grandes santos misioneros (San Francisco Javier, Santa Teresita del Niño Jesús, etc.), se dirige principalmente al Padre, fuente y origen de la misión de la Iglesia, a Jesucristo, de cuya misión somos continuadores, y al Espíritu Santo, protagonista de la misión.
• Es bendición, adoración y alabanza: A través de su oración totalmente desinteresada, el misionero le da a Gloria a Dios no sólo por lo que ha hecho, sino por lo que El es, reconociéndolo como único Dios y Señor, poniéndose dócilmente a su disposición y bendiciendo su Nombre.
• Es acción de gracias: En su oración, el misionero no se cansa de dar gracias a Dios por la vida recibida, por la vida de hijos de Dios, por la obra de salvación, por la vocación misionera encomendada y por todos los dones y carismas recibidos.
• Es petición e intercesión: A través de la oración, el misionero muestra conciencia de su relación con Dios, y como criatura que se sabe dependiente de El, pide a Dios por la venida del Reino, pide las disposiciones necesarias para acogerlo y cooperar a su venida, pide perdón por sus faltas, por sus necesidades,  e intercede por las necesidades de los demás, especialmente por los destinatarios de su labor misionera. El Padrenuestro es modelo de oración de petición.
• Es Universal: El misionero es el “hermano universal” que presenta a Dios su oración  por los hombres y mujeres de los cinco continentes que no conocen a Dios, por su conversión, por los misioneros que trabajan activamente en todo el mundo y por aquellos a quien Dios está llamando a ser misioneros (vocaciones. El Rosario Misionero es un claro ejemplo de oración universal. Las intenciones misionales que el Papa propone para cada mes, ayudan también a esta universalidad.
• Es eclesial: A través de la oración, el misionero se une a toda la Iglesia que  ora. E misionero no ora aislado del mundo, sino que lo hace en comunión con la Iglesia. Es por ello que no dice “Padre mío”, sino “Padre Nuestro...”
• Está centrada en la Palabra de Dios: Es muy importante que el misionero adquiera el hábito de leer la Palabra de Dios contenida en la Biblia, puesto que a través de ella, es como Dios le hablará y le manifestará su voluntad.  Para tal fin se incluye en este Manual, una guía para realizar la Lectura Orante de la Palabra, bajo el título “Orando con la Biblia”.
• Es confiada y esperanzada: El misionero sabe que su oración es escuchada y será atendida, y por ello es vivida con una actitud de esperanza y confianza filial.